教育部函知執行高等教育深耕計畫第2部分，與大陸地區機構進行學術研究、產學合作或其他交流活動，應依「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」等相關規定辦理。
一、兩岸教育交流目的在於促進相互瞭解與溝通，並應本「平等互惠」原則，與大陸地區機構進行交流，遵循「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」（以下簡稱兩岸條例）、「教育人員任用條例」相關法規及現行兩岸政策規範辦理各項教育交流活動。請學校就下列事項加強宣導及監督：
(一)參與陸方科研計畫：依行政院大陸委員會所籲現行兩岸政策指示，我國公私立科研機構及大專校院現職專任教師及相關人員，未經許可不得參與中國大陸各項國家基金及國家重點研發計畫（含「千人計畫」、「萬人計畫」等）；我國現職公私立學校專任教師，不得應聘赴中國大陸任教。有相關情事者應依兩岸條例規定報部。
(二)涉與共青團校交流：依兩岸條例第33條之3規定，兩岸校際學術研究、產學合作或其他合作書約應報經教育部同意後方得進行，不得違反法令規定或涉有政治性內容。
學校與大陸共青團校（涉屬陸方黨政軍教育機關構）進行教育交流，請確依兩岸條例第33條之1規定，報經教育部許可後始得辦理。
(三)辦理實習相關活動：赴陸交流或進行實習活動，應審慎評估實習機構與活動內容之妥適性，避免涉及與陸方黨政軍機構合作或全數援用陸方提供資料。
(四)接受陸方落地接待：學校教師如以公假方式透過教育交流或文化之旅等形式，接受大陸地區機關構落地招待，應注意活動目的、辦理單位、行程安排與文宣資料等，不應有政治目的及政治性內容，以及有損我方之尊嚴與立場。
五、大學研發成果歸屬、管理與維護依「科學技術基本法」第6條及「政府科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法」第3條規定，政府資助之研發成果除經認定歸屬國家所有者外
，歸屬執行研究發展之單位所有，爰大學對於研發成果之管理及運用，應建立管理機制妥善管理及維護。另教育部亦訂「專科以上學校產學合作實施辦法」及「教育部科學
技術研究發展成果歸屬及運用辦法」，業明定學校應設置專責單位，並建立相關內控制度，包括涉及敏感科技、生命尊嚴或專業道德者之相關管制機制等。敏感性科技之範
圍，依中央科技主管機關所定有關敏感科技研究安全管制作業之法規規定。