系所級研究中心
| 航運管理學系 | 綠色航運物流研究中心Green Shipping Logistics Center (GSLC) | |
| 運輸科學系 | 航行資訊研究中心 | |
| 國際運輸研究中心 | ||
| 輪機工程學系 | 製造暨材料量測研究中心Research Center of Manufacturing and Material Measurement | |
| 食品科學系 | 食品工業研究與服務中心 | |
| 食品保健與風險教育中心 | ||
| 水產加值打樣中心 | ||
| 水產養殖學系 | 水產品產銷履歷驗證暨檢驗中心Traceability Certification and Inspection Center | |
| 水生動物實驗中心Aquatic Animal Center | ||
| 海洋生物研究所 | 電子顯微鏡中心Electron Microscopy Center in Institute of Marine Biology | |
| 機械與機電工程學系 | 先進製造工程研究中心 | |
| 水產機電系統應用中心Research Center for Electromechanical System in Aquatic Applications | ||
| 系統工程暨造船學系 | 振動噪音工程研究中心Center of Sound and Vibration Researches NTOU | |
| 河海工程學系 | 近海防災科技研究中心 | |
| 電機工程學系 | 智慧電子產學研發中心NTOU Smart Electronics Industry-University R&D Center | |
| 通訊與導航工程系 | 電子海圖研究中心Electronic Chart Reserch Center |
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