院級研究中心
| 體育室 | 海洋休閒產業暨遊艇發展中心Marine tourism and Yacht development center | |
| 共同教育中心 | 臺灣客家研究暨推廣中心 | |
| 海運暨管理學院 | 海運研究中心 | |
| 生命科學院 | 生物技術教學與研究中心 | |
| 陸生動物實驗中心Terrestrial Animal Experimental Center | ||
| 海洋科學與資源學院 | 鯊魚永續研究中心 | |
| 永續島嶼研究中心 | ||
| 工學院 | 計算與模擬中心 | |
| 海洋能系統中心 | ||
| 電機資訊學院 | 電資醫學研究中心 | |
| 綠能與光電研究中心 | ||
| 海洋監測系統科技研究中心 | ||
| 海洋法律與政策學院 | 海洋永續科技治理研究中心 | |
| 國際海事法律與政策研究中心 |
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